История театра началась в 1925 году — тогда при Центральном комитете профсоюза железнодорожников был организован отраслевой театр, называвшийся Передвижным театром драмы и комедии. В 1959 году он получил свое современное название — Московский драматический театр имени Н. Гоголя. С 1987 года по 2012 год художественным руководителем являлся режиссёр Сергей Яшин, со времен его руководства в театре по сей день продолжают работать такие любимые публикой актёры, как Светлана Брагарник, Олег Гущин, Ирина Выборнова, Ольга Науменко, Людмила Чиркова, Ирина Рудницкая, Людмила Гаврилова. 7 августа 2012 года новым худруком был назначен Кирилл Серебренников. На базе театра открылся «Гоголь-центр». Среди самых известных спектаклей режиссёра — «Мёртвые души» (приз за режиссуру премии «Хрустальная Турандот»), «Маленькие трагедии» («Золотая маска» в номинации «Драма. Работа режиссёра»). 

4 июля 2022 «Гоголь-центр» был расформирован и новым художественным руководителем МДТ имени Н. Гоголя стал режиссёр Антон Яковлев — лауреат премии Москвы в области литературы и искусства за постановку спектаклей «Макбет» в МДТ на Малой Бронной и «Лес» в Театре сатиры, многократный лауреат и номинант премий «Звезда театрала» и «Золотой софит».