Отключение

Полностью отключить Мессенджер невозможно.

Если вы не хотите пользоваться Мессенджером только в приложении, то просто отключите уведомления.

Если вы не хотите пользоваться Мессенджером вообще, включите настройки приватности:

1. В Мессенджере откройте вкладку Настройки.
2. Отключите уведомления, запретите другим пользователям отправлять вам сообщения и совершать звонки.

После этого вы не будете получать от Мессенджера уведомления, а другие пользователи не смогут написать вам. Ни в браузере, ни в приложении Яндекса, ни в отдельном Мессенджере.